Pengantar Virologi

Pendahuluan

Hampir semua virus mengalami proses evolusi bersamaan dengan mamalia dan hewan lainnya dalam jangka waktu yang lama. Salah satu contoh virus diantaranya adalah virus herpes, yang telah ditelusuri kembali pada mamalia, ikan dan burung. 

Diperkirakan virus herpes sudah ada selama 200 juta tahun lebih. Sedangkan virus lain seperti HIV dan campak diketahui masuk ke dalam populasi manusia terhitung baru yang diakibatkan adanya perubahan di bidang pertanian (penggunaan hewan dosmetik), dinamika populasi, migrasi penduduk, perdagangan dan perubahan lingkungan.

Vaksin

Adanya vaksin telah menjadi sebuah penemuan baru yang mampu memberikan perubahan besar di bidang virologi. Vaksin cacar yang ditemukan oleh Edward Jenner (1796) mampu menyembuhkan penderita cacar melalui metode variolasi. Meskipun metode tersebut dapat memberikan efek samping berupa lesi kulit yang berakibat kematian sekitar 1% dari kasus, namun metode tersebut terhitung lebih efektif. 

Penemuan Virus

Penemuan virus diawali dengan ditemukannya agen penyakit mosaik pada daun tembakau. Agen tersebut telah dibuktikan oleh para ahli bahwa agen tersebut memiliki ukuran yang lebih kecil dari bakteri. Setelah penemuan tersebut, beberapa virus berhasil diidentifikasi, diantaranya virus Rous sarcoma sebagai penyebab tumor pada ayam dan virus yellow fever yang menginfeksi manusia. 

Definisi Virus

Virus merupakan molekul parasit intraseluler. Beberapa karakteristik virus diantaranya:

1. Virus merupakan molekul parasit obligat intraseluler yang berukuran kecil dan bersifat infeksius.
2. Genom virus terdiri dari DNA atau RNA
3. Genom virus secara langsung mensintesis komponen virion dalam sel host yang sesuai.
4. Partikel progeni virus diproduksi oleh komponen perakit virus baru.
5. Partikel virus progeni menginfeksi sel-sel baru

Ukuran Virus

Gambar 1: Ukuran Virus

Klasifikasi Virus

Pengklasifikasian virus didasarkan oleh beberapa aspek berikut:

1. Jenis asam nukleat dalam virion (DNA atau RNA)
2. Bentuk kapsid
3. Ada tidaknya envelop
4. Ukuran partikel virus

Sistem pengklasifikasian virus baru-baru ini sudah diadopsi dari  International Committee on Viral Taxonomy (ICTV) yang menekankan pada genom virus sebagai penentu taksonomi virus. 

Sistem penamaan virus berdasarkan ICTV secara luas sudah digunakan dalam semua jenis virus hewan. Nama latin pada taksa famili diawali dengan huruf kapital dan diakhiri dengan –viridae (contohnya: Herpesviridae). 

Tingkat Taksonomi

Tingkat Taksonomi	Akhiran	Contoh
Ordo	Virales	Mononegavirales
Famili	Viridae	Paramyxoviridae
Subfamili	Virinae	Paramyxovirinae
Genus	Virus	Morbillivirus
Spesies	Spesies virus	Measles virus

Tipe Genom
dsDNA	Herpesviridae
	·         Simplexvirus
	·         Varicellovirus ·         Cytomegalovirus
	·         Roseolovirus
	·         Lymphocryptovirus ·         Rhadinovirus
	Polyomaviridae
	·         Polyomavirus
	Papillomaviridae
	·         Papillomavirus
	Adenoviridae
	·         Mastadenovirus ·         Aviadenovirus
	Poxviridae
	·         Orthopoxvirus ·         Parapoxvirus ·         Avipox ·         Molluscipoxvirus

Tipe Genom
ssDNA	Parvoviridae
	·         Parvovirus ·         Erythrovirus ·         Dependovirus
	Circovirus
	·         Circovirus

Tipe Genom
Transkrip Balik	Retroviridae ·     Alpharetrovirus ·     Betaretrovirus ·     Gammaretrovirus ·     Deltaretrovirus ·     Epsilonretrovirus ·     Lentivirus ·     Spumavirus
	Hepadnaviridae ·     Orthohepadnavirus ·     Avihepadnavirus

Tipe Genom
-ssRNA	Paramyxoviridae ·     Paramyxovirus ·     Morbilivirus ·     Rubulavirus ·     Pneumovirus
	Rhabdoviridae ·     Vesikulovirus ·     Lyssavirus
	Bornaviridae ·     Bornavirus
	Floviridae ·     Marburg-like vi ·     Ebola-like vi
	Orthomyxoviridae ·     Influenzavirus A ·     Influenzavirus B ·     Influenzavirus C ·     Thogotovirus
	Bunyaviridae ·     Bunyavirus ·     Hantavirus ·     Nairovirus ·     Phlebovirus
	Arenaviridae ·     Arenavirus

Tipe Genom
+ssRNA	Piconaviridae ·     Enterovirus ·     Rhinovirus ·     Hepatovirus ·     Cardiovirus ·     Aphthovirus ·     Parechovirus
	Coronaviridae ·     Coronavirus
	Arteriviridae ·     Arterivirus
	Callciviridae ·     Nor Walk-like vi ·     Hepatitis-like -vi
	Flaviviridae ·     Flavivirus ·     Pestivirus ·     Hepacivirus
	Astroviridae ·     Astrovirus
	Togaviridae ·     Alphavirus ·     Rubivirus

Tipe Genom
dsRNA	Reoviridae ·     Orthoreovirus ·     Orbivirus ·     Rotavirus ·     Coltivirus

Sistem Baltimore dalam klasifikasi Virus

Sistem baltimore digunakan untuk melengkapi sistem klasifikasi ICTV, yang berdasarkan strategi virus bereplikasi.

Materi Genetik Virus

Virus DNA:
Hampir semua jenis virus DNA memiliki DNA untai ganda (Double Stranded), kecuali pada kelompok virus Parvoviridae (misalnya, Parvovirus B19).

Virus RNA
Hampir semua virus RNA mengandung untai tunggal RNA. Kecuali pada kelompok Reoviridae (misalnya, rotavirus) yang memiliki RNA untai ganda. 

Berikut pengelompokan Virus RNA secara luas:

1. Genom untai positif  RNA: Polaritas genom sama seperti mRNA. Virus yang tergolong ke dalam kategori ini diantaranya picornavirus dan calicivirus. Disamping itu, retrovirus juga termasuk ke dalam kategori ini, yang diketahui memiliki dua salinan + RNA dan bereplikasi dengan mekanisme yang unik 
2. Genom untai negatif RNA: Polaritas genom berlawanan dengan mRNA. Semua virus yang bergenom tipe ini memiliki kapsid heliks. Virus yang termasuk ke dalam kategori ini adalah kelompok Mononegavirales (rhabdoviruses, paramyxoviruses dan filoviruses).

Fisikokimia 

Kapsid (Nukleokapsid)

Kapsid merupakan protein pelindung yang mengelilingi genom. Struktur kapsid berbentuk simetris (helical seperti batang dan ikosahedral seperti bola). Kapsid terbentuk dari sejumlah protein subunit.

Envelope

Struktur envelope dikelilingi oleh lipid bilayer yang berasal dari membran sel inang selama proses budding virus. Envelope mengandung virally-encoded proteins, yang sebagian besar terdiri dari glikoprotein. 
Protein envelope dan glikoprotein berperan penting dalam proses attachment dan entry virus.
Catatan: Tidak semua virus memiliki envelope. Bagi kelompok virus yang memiliki envelope bersifat kurang stabil dibanding virus yang tidak memilikinya.